После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икари предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари готовится инициировать проект совершенствования человечества, используя Рей Аянами и Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая финальная битва.
«Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом противоречивых последних эпизодов «Евангелион нового поколения».